Szkoła Podstawowa nr 7 w Ciechanowie rozpoczęła działalność w 1991 roku  w niewielkim budynku przy ulicy Granicznej 40. Uczęszczało do niej wówczas 160 uczniów klas I- III i pracowało w niej zaledwie siedmiu nauczycieli. Dzięki staraniom rodziców i ówczesnego dyrektora szkoły pana Janusza Kowalskiego 1 września  1996 roku placówka zaczęła  funkcjonować w nowym budynku przy ulicy Czarnieckiego 40. W roku szkolnym 1996/1997 naukę w szkole podjęło 637 uczniów w klasach I – VI, a od roku 1998 w pełnym ośmioletnim cyklu kształcenia.

          W roku szkolnym 1997/ 1998 z inicjatywy dyrektora Kowalskiego  w placówce zaczęła funkcjonować pierwsza klasa integracyjna prowadzona przez panią Małgorzatę Szpejnę  i Barbarę Kleniewską. W budynku szkoły zlikwidowano bariery architektoniczne i wprowadzono wiele udogodnień dla uczniów z trudnościami w poruszaniu się. Pojawiły się specjalne podjazdy, winda, platforma do zjazdów po schodach , poręcze w łazienkach i na korytarzach.  Jesteśmy pierwszą i jak dotąd jedyną w Ciechanowie szkołą z oddziałami integracyjnymi. Dzięki edukacji w klasach integracyjnych niepełnosprawni uczniowie mają możliwość zdobyć niezbędne w życiu umiejętności społeczne  oraz wykształcenie umożliwiające dalszą edukację.

          W 1999 roku po reformie w oświacie  na terenie szkoły powstały dwie placówki – Szkoła Podstawowa nr 7, której dyrektorem został Janusz Kowalski i Gimnazjum nr 4 pod dyrekcją Ryszarda Komorowskiego.

          18 maja 2002 roku to ważna data dla Szkoły Podstawowej nr 7. W tym dniu odbyła się uroczystość nadania szkole imienia Jana Pawła II. Działania szkoły związane z tym wydarzeniem były zaprezentowane w TVP w programie „ Ziarno”, radiu Plus, lokalnej prasie.

Społeczność szkolna odbyła pielgrzymkę do Watykanu uczestnicząc w audiencji u Jego Świętobliwości Jana Pawła II. W czasie pobytu w Rzymie została poświęcona tablica pamiątkowa , którą umieszczono na popiersiu Patrona , które znajduje się  przed budynkiem szkoły. Zostało ono wykonane wg projektu ciechanowskiego artysty plastyka Marka Zalewskiego.

          W 2005 roku  nastąpiło połączenie obydwu szkół istniejących w budynku, w wyniku którego powstał Miejski Zespół Szkół nr 2. Dyrektorem obydwu placówek został Janusz Kowalski.

Od 2017 roku  w związku z kolejną reformą oświaty związaną z likwidacją gimnazjów szkoła funkcjonuje jako Szkoła Podstawowa nr 7 z Oddziałami Integracyjnymi im. Jana Pawła II.